薬師寺は、福島県大沼郡会津美里町にある天台宗の寺院で、山号を醫德山と称します。本尊は薬師如来で、開基は慈覚大師円仁と伝えられています。この寺院は会津地方で最も古い寺院の一つであり、別称として「会津薬師寺」と呼ばれています。
薬師寺の縁起によれば、宝亀10年（779年）に千壽院として創設された後、嘉祥元年（848年）に慈覚大師円仁が天台宗として開基しました。文治5年（1189年）に奥州藤原氏が滅亡した際、平泉高館に祀られていた薬師如来像を藤田式部忠重の支族である佐藤清澄がこの地に持ち逃れ、建久元年（1190年）に上総国生まれの沙門円鑁が薬師堂を建立し、「会津薬師寺」と称するようになりました。
寛永17年（1640年）には橋爪村の大火により堂宇が焼失しましたが、それから210年後の嘉永3年（1850年）に僧澄順によって再建され、現在の姿に至っています。
薬師堂（根本堂）には本尊が祀られています。また、不動明王を安置する護摩堂や大黒天を祀る大黒堂、鐘楼堂などの伽藍が立ち並んでいます。境内には、59世住職が檀家からの寄贈や比叡山延暦寺から譲り受けた苗木を植樹した200本を超える紅葉があり、秋になると美しい紅葉の庭園が見られます。
境内には、石造りの自動車に不動明王を納めた「自動車不動尊」という非常に珍しい石仏があります。これは1977年（昭和52年）に住職が交通事故の無い地域社会づくりを願って建立したものです。全国でもここにしかない「交通安全」の仏様として、多くの人々の信仰を集めています。